Das Eindringen von Krankheitserregern wird in erster Instanz über endogene Barrieremechanismen (z. B. Schleimhäute, Magensäure, Mikroflora) abgewehrt. Werden diese mechanischen oder sekretorischen Barrieren der Oberflächenepithelien jedoch überwunden, greift in zweiter Instanz das körpereigene Immunsystem durch Aktivierung der kaskadenartigen unmittelbaren und unspezifischen Immunabwehr. Dabei werden mononukleäre Phagozyten (Monozyten, Makrophagen) und polymorphkernige neutrophile Granulozyten alarmiert, stimuliert und chemotaktisch zum Ort des Geschehens gelockt. Diese sogenannten Fresszellen umschließen den Fremdkörper (Bildung von Phagosomen) und mithilfe lysosomaler Enzyme (Phagolysosomen) z. B. Proteasen, Peptidasen oder Desoxyribonukleasen werden die Krankheitserreger anschließend lysiert und somit für den Organismus unschädlich gemacht. Zudem wird durch eine Reihe bestimmter Proteine (Zytokine) eine vermittelte Signalkette in Gang gesetzt, die den Körper in Alarmbereitschaft versetzt und dadurch weitere Abwehrzellen mobilisiert, um die Eindringlinge zu vernichten.
Mithilfe der spezifischen dauerhaften Abwehr können körperfremde Oberflächen verschiedenster Krankheitserreger mittels Lymphozyten identifiziert und mit höchster Präzision eliminiert werden. Das Prinzip der erworbenen Immunität inkludiert dabei zwei Hauptklassen: die zellinduzierte und die antikörperinduzierte (humorale) Immunantwort. Die spezifische zelluläre Abwehr wird dabei von den T-Zellen orchestriert, während die spezifische humorale Immunität von B Zellen und ihren antikörperproduzierenden Abkömmlingen, den Plasmazellen, initiiert wird. Nach erstmaligem Kontakt wird zum einen die entsprechende Immunantwort ausgelöst, aber zudem auch alle nötigen Informationen über das Antigen in einer Art zellulärem Gedächtnis abgespeichert. Dadurch ermöglicht das erworbene Immunsystem nach erneuter Antigenexposition eine präzisere, schnellere und spezifischere Immunantwort, auch noch nach mehreren Jahrzehnten. Bei diesen Prozessen spielen auch die sekundär lymphatischen Organe (Milz, Lymphknoten, bronchusassoziiertes lymphatisches Gewebe (BALT), darmassoziiertes lymphatisches Gewebe (GALT)) als wichtigste „Kontrollstation“ im Körper eine zentrale Rolle bei der Präsentation immunkompetenter Lymphozyten sowie der Eliminierung pathogener Fremdkörper.